Сайты организованы по разному, один показывает товары из подкатегорий, второй нет.
При значении параметра Каталог товаров : Товары / Настройка отображения подкатегорий /
Включать в список товары всех подкатегорий, начиная с уровня отличном от "Не включать",
выборка значений для выдачи в фильтре происходит из товаров всех подкатегорий.
Это ресурсоемко, поэтому в нашем ДЦ, если товаров в подкатегориях > 1000 (3000 для тарифа VIP),
запрос заменяется на простую выборку всех значений справочника.
При параметре установленном в "Не включать", значения справочника выбираются из товаров,
принадлежащих текущей категории и подкатегориям первого уровня.