Проблема действительно не типичная, т.к. обычно эти страницы просто закрыты от индексации. Почему у вас они в индексе - не ясно.
rel="canonical" можно добавить, например, в обработчике события "v5_on_apply_data"
Там нужно определить необходимость добавления (выделить нужные страницы), получить URL ($url), на которую указывать эту ссылку и добавить примерно так:
Реализовать смогу, если будет сформулирована задача.
Детали целесообразнее в ЛС или в почту (в профиле) - сайт, что делаем - canonical или разбираемся с индексацией, какие страницы и т.п.