Evgeney S.: Способ наложения скидок задается в настройках.
Обычно стоит "использовать максимальную". Можно задать - использовать скидку товара и тогда всегда будет она использоваться, если задана.
Теперь работает, поддержка амиро помогла:
Внесли исправление в рабочий код, поскольку логика была не совсем верная, т.к. этой значение опции полностью отключало модуль Скидки, а не включало приоритет скидки в Товаре.
Изменение применено для всех сайтов на нашем хостинге.
Если сайт работает на стороннем хостинге - нужен будет FTP доступ, версия движка должна быть 7.8