Для этого вам необходимо добавить в строку с метаданными столбец CATALOG_ITEM_LINKS.
На втором шаге мастера настройки импорта необходимо отметить чекбокс "Идентификаторы категорий для копий товара".
В поля столбца CATALOG_ITEM_LINKS необходимо через запятую вписать external_id категорий, в которых нужно создать товары-ссылки.