Ситуация такая: в вашем дистрибутиве есть .htaccess, при распаковке дистрибутива он соответственно перетирает тот, который на хостинге, и всё ломается.
Решение: при изготовлении дистрибутива временно уберите .htaccess, после создания дистрибутива верните на место.