На все файлы и папки, в том числе DocRoot:
chgrp -R ftp www (у меня фтп имеет доступ ко всем файлам)
chown -R daemon www (apache имеет доступ ко всем файлам и является владельцем)
chmod 664 - для файлов
сhmod 775 - для папок
В такой конфигурации был произведен апгрейд с 5.2.3.0 до 5.2.4.2 а затем до 5.4.0.0.
По поводу прав есть ещё немного расширенные рекомендации техподдержки Амиро:
На хостинге Амиро PHP и FTP-демон работают под одним и тем же пользователем, и ему же принадлежат файлы CMS.
По поводу прав, стандартная конфигурация: на всё стоит 755 и 644, на _mod_files и всё внутри неё - 2777 и 666.