Haris: Если я правильно понял описанную проблему, то значит, что и на моем сайте включение мультиязычности без переделки ссылок повредит индексации сайта?
Не повредит. Многоязычные сайты отлично индексируются, особенно если этим заниматься - добавить сайт в вебмастер, загрузить sitemap.xml и так далее, а не искать "другие" причины.
Если все равно есть опасения, но шаблон править не хочется - можно вообще не выводить стандартный блок переключения языков, а написать ссылки статично.
Но вот включение многоязычности на уже проиндексированном сайте нужно делать аккуратно. Все ссылки изменятся - добавится префикс ru, en и т.д.
Проблему можно решить на уровне веб-сервера настроив 301 редирект для всех страниц на одноименные в новом варианте сайта. Что-то вроде site.ru/* -> site.ru/ru, но исключив site.ru/ru/*, site.ru/en/* и т.д.
Сервис голосования idea.amiro.ru для Ваших пожеланий по развитию Amiro.CMS